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胡言石
我毕业于浙江大学生命科学学院的生物信息学博士研究生项目，在生物信息学与计算系统生物学领域兴趣广泛，利用AI+多组学整合手段揭示重大复杂疾病的致病机制。当前的研究聚焦于大规模疾病共病模式挖掘和帕金森病与克罗恩病潜在共病机制探索。
已发表SCI论文12篇，获得学界的广泛关注，被Science、Pharmacological Reviews、Gastroenterology、Trends in Neurosciences、Trends in Cancer、Alzheimer's & Dementia、Trends in Genetics、Brain、Nucleic Acids Research等高影响力SCI期刊论文积极引用。 积极广泛参与学界同行评议，目前受邀担任17个SCI期刊的审稿专家。研究兴趣：
机器学习/深度学习/AI4BioMed 💻🧬💊🏥 | 网络医学/网络生物学 🕸️ | 神经科学 🧠
教育经历
学术荣誉 & 奖励
浙江省生物信息学会会员
浙江省生物信息学会
N/A
now - 2017
2019年浙江大学优秀研究生
浙江大学
N/A
2019
浙江大学博士研究生中期考核一等奖学金
浙江大学
奖金：20,000元
N/A
2018
2018年浙江大学优秀研究生
浙江大学
N/A
浙江大学博士研究生新生奖学金
浙江大学
奖金：10,000元
N/A
2017
第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会优秀海报二等奖
第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会
奖金：400元
N/A
2014
2013年山东第一医科大学（山东省医学科学院）优秀本科毕业设计
山东第一医科大学（山东省医学科学院）
N/A
2013
2011年山东第一医科大学（山东省医学科学院）二等奖学金
山东第一医科大学（山东省医学科学院）
N/A
2011
2010年山东第一医科大学（山东省医学科学院）三等奖学金
山东第一医科大学（山东省医学科学院）
N/A
2010
SCI期刊审稿人
Science China-Life Sciences
影响因子：8.0
N/A
# 1
Bioinformatics
影响因子：7.6
N/A
# 2
International Journal of Intelligent Systems
影响因子：5.9
N/A
# 3
Molecular Neurobiology
影响因子：5.1
N/A
# 4
Frontiers in Neuroscience
影响因子：4.3
N/A
# 5
Scientific Reports
影响因子：4.3
N/A
# 6
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
影响因子：3.6
N/A
# 7
Frontiers in Neurology
影响因子：3.3
N/A
# 8
PLOS ONE
影响因子：3.3
N/A
# 9
Journal of Molecular Neuroscience
影响因子：2.8
N/A
# 10
Mammalian Genome
影响因子：2.7
N/A
# 11
Computational Biology and Chemistry
影响因子：2.6
N/A
# 12
BMC Neurology
影响因子：2.5
N/A
# 13
BMC Medical Genomics
影响因子：2.5
N/A
# 14
Current Bioinformatics
影响因子：2.4
N/A
# 15
Cell Biochemistry and Biophysics
影响因子：2.0
N/A
# 16
BMC Genomic Data
影响因子：1.9
N/A
# 17
学术论文
Decrypting human biological pathway crosstalk landscape in a deep learning architecture
To Appear on bioRχiv.
N/A
2025
YS Hu#, Y Chen#, Y Hu, M Chen*
AWmeta empowers adaptively-weighted meta-analysis for gene expression data
To Appear on bioRχiv.
N/A
N/A
YS Hu, Y Hu, M Chen*
Systems biology framework unravels molecular substrates underlying comorbidity between Parkinson's and Crohn's disease
To Appear on medRχiv.
N/A
N/A
YS Hu, B She, Z Yin, X Yu, W Wu, M Chen*
Benchmarking alternative polyadenylation detection in single-cell and spatial transcriptomes
bioRχiv. 2024.10.15.618405. (In Review in Genome Biology)
N/A
2024
S Li, Z Wang, YS Hu, Q Ni, C Feng, Y Hu, S Zhang, M Chen*
ncPlantDB: a plant ncRNA database with potential ncPEP information and cell type-specific interaction
Nucleic Acids Research. 2024, gkae1017.
影响因子：16.6
N/A
L Liu#, E Liu#, Y Hu, S Li, S Zhang, H Chao, YS Hu, Y Zhu, Y Chen, L Xie, Y Shen, L Wu, M Chen*
Systematic single-cell analysis reveals dynamic control of transposable element activity orchestrating the endothelial-to-hematopoietic transition
BMC Biology. 2024, 22(1):143.
影响因子：5.4
N/A
C Feng#, RX Tie#, SG Xin#, YH Chen, SD Li, YF Chen, XT Hu, YC Zhou, YJ Liu, YM Hu, YS Hu, H Pan, ZX Wu, HY Chao, SL Zhang, QY Ni, J Huang, W Luo*, H Huang*, M Chen*
HALD, a human aging and longevity knowledge graph for precision gerontology and geroscience analyses
Scientific Data. 2023, 10(1):851.
影响因子：8.9
2023
Z Wu#, C Feng#, YS Hu, Y Zhou, S Li, S Zhang, Y Hu, Y Chen, H Chao, Q Ni, M Chen*
CoGO: a contrastive learning framework to predict disease similarity based on gene network and ontology structure
Bioinformatics. 2022, 38(18):4380-4386.
影响因子：7.6
2022
Y Chen#, YS Hu#, X Hu, C Feng, M Chen*
CoVM2: Molecular Biological Data Integration of SARS-CoV-2 Proteins in a Macro-to-Micro Method
Biomolecules. 2022, 12(8):1067.
影响因子：5.4
N/A
H Chen, X Hu, YS Hu, J Zhou, M Chen*
LBD: a manually curated database of experimentally validated lymphoma biomarkers
Database. 2022, Volume 2022, baac051.
影响因子：4.2
N/A
B Tan, S Xin, YS Hu, C Feng*, M Chen*
PncStress: a manually curated database of experimentally validated stress-responsive non-coding RNAs in plants
Database. 2020, Volume 2020, baaa001.
影响因子：4.2
2020
W Wu, Y Wu, D Hu, Y Zhou, YS Hu, Y Chen, M Chen*
The inflammatory cytokine IL-6 induces FRA1 deacetylation promoting colorectal cancer stemness and malignancy
Oncogene. 2019, 38:4932-4947.
影响因子：7.5
2019
T Wang, P Song, T Zhong, X Wang, X Xiang, Q Liu, H Chen, T Xia, H Liu, Y Niu, YS Hu, L Xu, Y Shao, L Zhu, H Qi, J Shen, T Hou, R Fodde*, J Shao*
Network and Pathway-Based Analyses of Genes Associated with Parkinson’s Disease
Molecular Neurobiology. 2017, 54(6):4452-4465.
影响因子：5.1
N/A
YS Hu, Z Pan, Y Hu, L Zhang*, J Wang*
Detecting pathway relationship in the context of human protein-protein interaction network and its application to Parkinson’s disease
Methods. 2017, 131:93-103.
影响因子：4.2
N/A
Y Hu, Y Yang, Z Fang, YS Hu, L Zhang*, J Wang*
GRONS: a comprehensive genetic resource of nicotine and smoking
Database. 2017, Volume 2017, bax097.
影响因子：4.2
N/A
Z Fang, Y Yang, YS Hu, MD Li*, J Wang*
会议论文/摘要
Network and pathway based analyses of genes associated with Parkinson’s disease
第七届全国生物信息学与系统生物学学术大会
成都
2016
Uncovering the common pathogenesis in neurodegenerative and psychiatric disorder via network approaches
第七届全国生物信息学与系统生物学学术大会
成都
N/A
Common characteristics of Alzheimer’s disease and Parkinson’s disease based on AlzGene and PDGene databases
第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会
南京
2014
Computing the phenotype similarity based on OMIM database and MESH vocabulary
第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会
南京
N/A
TarPriGO: a new method to prioritize miRNA targets based on Gene Ontology
第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会
南京
N/A
A comprehensive pathway and network analysis of candidate genes associated with nicotine addiction
第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会
南京
N/A
The functional divergence analysis of neuronal nicotinic acetylcholine receptor subunits
第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会
南京
N/A
学术报告
Zhejiang University-Bielefeld University Joint Symposium
报告题目：Analyzing the genes related to Alzheimer’s disease via a network and pathway-based approach
Bielefeld, Germany
2019
First Sino-Russian Workshop on Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018)
报告题目：Analyzing the genes related to Alzheimer’s disease via a network and pathway-based approach
Novosibirsk, Russia
2018
学术海报
Network and pathway based analyses of genes associated with Parkinson’s disease
第七届全国生物信息学与系统生物学学术大会
成都
2016
Common characteristics of Alzheimer’s disease and Parkinson’s disease based on AlzGene and PDGene databases
第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会
南京
2014
发明专利
一种生化通路串话识别方法
发明人：陈铭，胡言石，陈俞皓
申请号：2023107816823
申请日：2023-06-28
公布号：CN116959588A
公布日：2023-10-27
N/A
2023